هدف از تأسیس دوره دکتری رشته فیزیولوژی ورزشي عبارت است از: افزایش دانش نظری و تجربی دانشجویان برای اجرای تحقیقات در زمینه علوم ورزشی و مسایل مربوطه مانند، افزایش توانایی ورزشکاران و غیرورزشکاران، بازتوانی بیماران و سنجش و ارزیابی اثر تمرینات و تغذیه بر سلامت و عملکرد آنان، تربیت دانش پژوهان نخبه در حوزه فيزيولوژي ورزش که بتوانند به آموزش، تحقيق، برنامه ريزي، اجرا و راهنمايي و تحليل مشکلات در اين رشته بپردازند، به طوری که بتوانند قسمتی از فعالیت های زیر را عهده دار شوند:
- ارائه مشاوره و راهنمایی در مراکز بالینی برای اجرای برنامه های ورزشی بازتوانی.
- انجام آزمون های ورزشی گوناگون در باشگاه های ورزشی جهت بررسی وضعیت بدنی و طراحی مناسب پروتکل تمرین.
- توانایی انجام آزمون و تفسیر نتایج آزمون ورزشی در مراکز بالینی و ارائه آن به پزشکان.
- طراحی و برنامه ریزی پروتکل های تمرینی جهت ورزشکاران آسیب دیده.
- توانایی برنامه ریزی و تجویز فعالیت ورزشی برای بیماران خاص با نظارت پزشک مربوطه.
- تجویز برنامه های تمرینی برای افزایش قدرت، توان، استقامت و بهبود عملکرد عضلات اسکلتی، دستگاه های قلبی عروقی و تنفسی ورزشکاران.
- بررسی وضعیت بدنی و میزان امادگی ورزشکاران و طراحی تمرینات خاص بر اساس شرایط فردی و محیطی جهت شرکت در اردوها و میادین مسابقات.